Indra kết hôn với Raj K. Nooyi, chủ tịch của AmSoft Systems, vào năm 1981.[62] Nooyi có hai con gái và sống ở  Greenwich, Connecticut. Một trong những cô con gái của cô hiện đang theo học trường Quản lý tại Yale, trường cũ của Nooyi.[63] Forbes xếp hạng bà ở vị trí thứ 3 trong danh sách "Các bà mẹ quyền lực nhất thế giới.[64]

Chị gái của cô là nữ doanh nhân và nghệ sĩ được đề cử giải Grammy- Chandrika Krishnamurthy Tandon.[65]

 Ở Ấn Độ, bà từng chơi cricket và guitar trong một ban nhạc rock